Sequence Surrounding the Cloning
Sites
GTTGACATTGATTATTGACTAGTTATTAATAGTAATCAATTACGGGGTCATTAGTTCATA 60
⌐5’-end of
enhancer region
GCCCATATATGGAGTTCCGCGTTACATAACTTACGGTAAATGGCCCGCCTGGCTGACCGC 120
CCAACGACCCCCGCCCATTGACGTCAATAATGACGTATGTTCCCATAGTAACGCCAATAG 180
GGACTTTCCATTGACGTCAATGGGTGGAGTATTTACGGTAAACTGCCCACTTGGCAGTAC 240
ATCAAGTGTATCATATGCCAAGTCCGCCCCCTATTGACGTCAATGACGGTAAATGGCCCG 300
CCTGGCATTATGCCCAGTACATGACCTTACGGGACTTTCCTACTTGGCAGTACATCTACG 360
TATTAGTCATCGCTATTACCATGGTGATGCGGTTTTGGCAGTACACCAATGGGCGTGGAT 420
AGCGGTTTGACTCACGGGGATTTCCAAGTCTCCACCCCATTGACGTCAATGGGAGTTTGT 480
TTTGGCACCAAAATCAACGGGACTTTCCAAAATGTCGTAATAACCCCGCCCCGTTGACGC 540
TATA Box
AAATGGGCGGTAGGCGTGTACGGTGGGAGGTCTATATAAGCAGAGCTCGTTTAGTGAACC 600
® Transcription
start KpnI M
G Y D
V P D Y
GTCAGATCTCTAGAAGCTG GGT
ACC gaa atg gga tac
gat gtt cca gat tac
A
S Y D
V P D
Y A S L
gct tcg tac gat gtt cca
gat tac gcA AGC TTG
CTA GCG
GCC GCT
Hind III Nhe I Not I
CGA GGC CGG CAA GGC
CGG ATC
CA 720
Xho I BamH
I
GACATGATAAGATACATTGATGAGTTTGGACAAACCACAACTAGAATGCAGTGAAAAAAA 780
TGCTTTATTTGTGAAATTTGTGATGCTATTGCTTTATTTGTAACCATTATAAGCTGCAAT 840
AAACAAGTTAACAACAACAATTGCATTCATTTTATGTTTCAGGTTCAGGGGGAGGTGTGG 900
GAGGTTTTTTAAAGCAAGTAAAACCTCTACAAATGTGGTATGGCTGATTATGATCCGGCT 960
Unique enzymes in pHAHA:
SnaB I TAC|GTA 360
Acc65 I G`GTAC,C 621
Asp718 G`GTAC,C 621
Kpn
I G,GTAC`C
625
BsiW I C`GTAC,G 658
Spl
I C`GTAC,G 658
HinD III A`AGCT,T 680
Nhe
I G`CTAG,C 686
Not
I GC`GGCC,GC 691
PaeR7 I C`TCGA,G 697
Xho
I C`TCGA,G 697
NgoM I G`CCGG,C 703
Nae
I GCC|GGC 705
Sfi
I GGCCN,NNN`NGGCC 709
BamH I G`GATC,C 715
EcoR V GAT|ATC 1705
Nsi
I A,TGCA`T
3256
Avr
II C`CTAG,G 5548
Stu
I AGG|CCT 5837
BstE II G`GTNAC,C 5913
Xmn
I GAANN|NNTTC 6404
Ple
I GAGTC
9/10 7013
Nru
I TCG|CGA 8005
BsiC I TT`CG,AA 8306
BstB I TT`CG,AA 8306
BsrG I T`GTAC,A 10194
Number
of enzymes = 26
The following
enzymes do not cut in pHAHA:
Afl
II Age I Asc I Bbe I Bcl I
Blp
I BssH
II Bst1107
I Eco47
III Eco72 I
Ehe
I Esp I Fse I Kas I Nar I
Pme
I Pml
I Pvu
II Sap I Sph I
pHAHA: sites sorted by name:
Aat
II (6) 145
198 281 467
6085
8482
Acc
I (3) 1111
3586 9994
Acc65 I (1) 621
Aci
I (98) 78 106
118 132
265 299
390 423
527 548
690 694
1039 1075
1085 1133
1181 1516
1810 2265
2400 2407
2457 2469
2535 3314
3477 3610
3732 3734
3827 3930
4276 4406 4533
5306
5416 5437
5509 5794
5960 6113
6160 6259
6368 6445
6489 6610
6656 6847
6938 7300
7309 7444
7554 7675
7694 7821
7849 7939
7954 8051
8057 8073
8126 8180
8222 8279
8329 8334
8405 8429
8474 8598
8663 8730
8780 8800
8824 8846
8866 9043
9081 9091
9204 9232
9234 9255
9384 9394
9523 9589
9656
9729 9895 9965
9969 10226
Afl
III (4) 1243
1435 2381 8366
Aha
II (13) 142 195
278 464
1069 1935
2253 3644
6082 6464
8479 9447
9925
Ahd
I (2) 2103
7004
Alu
I (33) 586 617
682 834
1008 1027
1413 1505
1722 1864
3482 3793
4130 5953
5977 5992
6651 6714
6814 7335
7592 7638
7728 7889
8535 8567
8609 8994
9219 9284
9313 9989
10017
Alw
I (21) 711 722
948 1129
5402 5713
5978 6364
6370 6685
7149 7150
7247 7247 7333
8429
8915 9233
9342 9472
10025
AlwN I (4) 1795
5566 7483 9738
Apa I (4)
1235 1454 2328
4283
ApaL I (5) 1313
6332 7578 8735
9037
3385
4156 5731 5842
6006 8302
8698
Ase I (2)
27 6829
Asp718 (1) 621
Ava
I (9) 697
1591 2507 4238
4297 5419
5886 8040
8437
Ava
II (23) 1260 1518
1687 2193
2619 3846
3950 4243
5337 5500
5524 5563
5890 6640
6862 8336
8343 8863
9404 9598
9774 9838
9892
Avr
II (1) 5548
BamH I (1) 715
Ban
I (6) 485
621 2502 7051
8176 9029
Ban
II (9) 588
1235 1454 2312
2328 4132
4283 5427
9712
Bbs
I (3) 1465
5425 6021
Bbv
I (15) 1017 1111
2274 3749
5358 5790
6772 6961
7563 8409
8544 8802
9195 9322
9726
Bbv
II (3) 1464
5426 6020
Bcn
I (32) 1013 1048
1139 1593
1594 2509
2510 2906
3232 3949
4240 4241
4299
4300 4418 4531
4558 4582
4606 5421
5422 5784
6469 6820
7516 8232
8439 8440
9242 9358
9923 10035
Bfa
I (13) 20 611
687 762
1117 2028
2148 4118
5549 6811
7146 7399
9990
Bgl
I (8) 110
232 303 709
1066 1230
2323 6886
Bgl
II (2) 605
10083
Bpm
I (7) 1367
2588 4412 6935
8085 9123
9177
Bsa I (4)
4406 5380 6938
9626
BsaA I (2) 360
4110
BsaB I (2) 951
2107
BsaH I (13) 142 195
278 464
1069 1935
2253 3644
6082 6464
8479 9447
9925
BsaJ I (54) 380 1136
1445 1446
1453 1591
2012 2073
2184 2506
2507 2508
2666 3324
3732 3763
3953 4237
4238 4239
4264 4297
4298 4446
4481 4505
4528 4555
4579 4603
5332 5419
5420 5473
5548 7732
8096 8196
8229 8339
8437 8438
8807 9008
9163 9232
9601 9602
9704
9705 9757 9780
9866 9883
BsaW I (9) 5378
6708 7539 7686
8676 9213
9349 9462
9511
BseR I (20) 4538 4562
4586 4637
4736
4763 4916 4982
5018 5045
5063 5099
5126 5144
5180 5198
5243 5261
5432 5887
Bsg
I (2) 3779
5674
BsiC I (1) 8306
BsiE I (9) 694
6486 6635 7558
8663 8798
8819 8828
9398
BsiHKA I (10) 588 1317
1914 2649
4132 6336
6421 7582
8739 9041
BsiW I (1) 658
Bsm
I (3) 771
864 8112
BsmA I (13) 453 1010
2285 3650
3968 4407
5379 5539
6163 6937
8522 9498
9627
BsmB I (4) 1009
3651 3967 8523
BsmF I (18) 195 346
514 1273
1446 2097
2167 2206
4454 5323
5836 5903
7877 8212
9372 9584
9760 9781
BsoF I (56) 691 694
835 960
1006 1100
2263 2400
2560 3314
3345 3735
3738 3794
4534 5347
5416 5509
5779 5961
6260 6489
6584 6611
6761 6950
7278 7484
7487 7552
7695 7850
7954 8051
8058 8061
8180 8330
8398 8429
8533 8610
8663 8791
8822 8825
9081 9184
9232 9235
9311 9395
9715 9730
9935 10055
Bsp120 I (4) 1231
1450 2324 4279
Bsp1286 I (2) 2649
6421
BspH I (3) 6059
6164 7172
BspM I (4) 2526
3808 7921 8768
BspM II (5) 5378
8676 9213 9349
9462
Bsr
I (24) 316 1232
2103 2167
2278
3279 3593 4247
4441 5937
6358 6530
6797 6840
6958 7364
7478 7491
8940 9105
9754 9850
9907 10072
BsrB I (7) 696
1810 3827 5308
6162 8846
9204
BsrD I (7) 1382
4152 6770 6944
8452 10049
10163
BsrG I (1) 10194
BssS I (7) 1757
2631 6028 6335
7719
8555 9034
BstB I (1) 8306
BstE II (1) 5913
BstN I (29) 110 303
1346 1447
1455 2186
3399 3432
3764 3936
3954 4123
4265 4391
4447 4483
4507 5429
5561 5573
5722 5834
7733 7746
7867 7918
9603 9706
9884
BstU I (39) 80 967
969 1181
2383 2553
3460 3477
3734 4406
6113 6445
6938 7268
7849 7939
8000 8005
8032 8053
8079 8212
8334 8368
8476 8665
8800 8911
8977 9043
9192 9234
9394 9525
9589 9658
9909 9967
9969
BstX I (4) 2320
2693 2989 4334
BstY I (12) 605 715
5717 6357
6374 7142
7154 7240
7251 8433
10029 10083
Bsu36 I (2) 1691
4028
Cac8 I (37) 106 299
680 684
688 705
1812 1839
2381 2537
3576 3829
3932 4402
6758 6891
7282 7842
7879 7932
7941 8013
8055 8210
8220 8426
8780 8981
9041 9221
9384 9609
9656 9712
9734 9982
10059
Cfr10 I (4) 703
4072 6919 8793
Cla
I (2) 1125
5982
Csp6 I (15) 238 318
351 402
559 622
659 1215
1439 5569
6522 9371
9424 9901
10195
Dde
I (20) 1330 1691
1880 2595
2641 3378
3483 3871
3926
4028 5411 5636
5821 6077
6503 7043
7209 7618
8833 9852
Dpn
I (34) 607 717
954 1124
1802 2565
5408 5609
5719 5973
6323 6359
6376 6634
6680 6698
7039 7144
7156 7234
7242 7253
7328 8435
8500 8633
8818 8831
8921 9228
9348 9467
10031 10085
DpnII (34) 605 715
952 1122
1800 2563
5406 5607
5717 5971
6321 6357
6374 6632
6678 6696
7037 7142
7154 7232
7240 7251
7326 8433
8498 8631
8816 8829
8919 9226
9346 9465
10029 10083
Dra
I (4) 911 6426
7118 7137
Dra
III (3) 1333
8743 9036
Drd
I (6) 1061
1360 4241 7790
8959 9340
Dsa
I (13) 380 2073
2666 3732
5332 5473
8196 8807
9163 9232
9757 9780
9866
Eae
I (9) 691
2345 3554 6611
8660 8825
9078 9395
10160
Eag
I (4) 691
8660 8825 9395
Ear
I (5)
5462 5495 5905
5911
6205
Eco57 I (5) 1188
1428 1816 6337
7351
EcoN I (2) 5908
6643
EcoO109 I (16) 1232 1450
1494 1554
1687 2324
3846 4279
4280 4398
5337 5563
5890 6024
9735 9774
EcoR I (3) 6006
8302 8698
EcoR II (29) 108 301
1344 1445
1453 2184
3397 3430
3762 3934
3952 4121
4263 4389
4445 4481
4505 5427
5559 5571
5720 5832
7731 7744
7865 7916
9601 9704
9882
EcoR V (1) 1705
Fnu4H I (56) 691 694
835 960
1006 1100
2263 2400
2560 3314
3345 3735
3738 3794
4534 5347
5416 5509
5779 5961
6260 6489
6584 6611
6761 6950
7278 7484
7487 7552
7695 7850
7954 8051
8058 8061
8180 8330
8398 8429
8533 8610
8663 8791
8822 8825
9081 9184
9232 9235
9311 9395
9715 9730
9935 10055
Fok
I (21) 1054 1282
1322 1328
2115 3844
4432 5677
5725 5737
5788 5888
6565 6852
7033 7930
7975 8177
8824 9197
9890
Fsp
I (2) 6781
8111
Gdi
II (10) 690 692
6612 8659
8661 8824
8826 9077
9394 9396
Gsu
I (7) 1366
2587 4411 6934
8084 9122
9176
Hae
I (15) 2347 3397
3556 4382
5553 5837
7418 7870
7881 7930
7987 8375
8806 9882
10162
Hae
II (2) 2602
7652
Hae
III (59) 104 297
693 703
712 1233
1452 1496
1555 2326
2347 2539
3397 3556
3934 3946
3959 4257
4281 4326
4382 4400
4451 4536
4560 4584
4608 5402
5553 5576
5837 5963
6026 6613
6880 6960
7418 7852
7870 7881
7930
7987 8038 8201
8375 8662
8806 8827
8855 9007
9080 9162
9397 9646
9703 9736
9754 9882
10162
Hga
I (23) 545 1059
1942 2260
2373 3634
5640 5806
6471 7203
7781 7990
8022 8084
8276 8373
8405 8506
8958 9197
9342 9454
9915
HgiA I (10) 588 1317
1914 2649
4132 6336
6421 7582
8739 9041
HgiE II (2) 2193
7303
Hha
I (32) 969 1099
2553 2593
2601 3477
4216 4406
6113 6445
6782 6875
7268 7377
7551 7651
7718 8032
8050 8112
8334 8614
8667 8911
8979 9194
9321 9394
9527 9909
9969 10063
HinC II (10) 4 536
850 1112
1293 1565
6462 8419
9291 9995
Hind
II (10) 4
536 850
1112
1293 1565
6462 8419
9291 9995
HinD III (1) 680
Hinf I (21) 430 1113
1752 1829
2268 3920
3978 4113
4442 5592
5658 5882
7005 7522
7970 8162
8551 8673
8873 9124
10096
HinI I (13) 142 195
278 464
1069 1935
2253 3644
6082 6464
8479 9447
9925
HinP I (32) 967 1097
2551 2591
2599 3475
4214 4404
6111 6443
6780 6873
7266 7375
7549 7649
7716 8030
8048 8110
8332 8612
8665 8909
8977 9192
9319 9392
9525 9907
9967 10061
Hpa
I (2) 850
1565
Hpa
II (46) 704 713
956 1012
1046 1138
1592 2508
2904 3230
3947 4073
4239 4298
4417 4530
4557 4581
4605 5379
5420 5512
5783 6467
6709 6819
6886 6920
7324 7514
7540 7687
7957 8231
8438 8677
8794 9027
9214 9240
9350
9356 9463 9512
9921 10033
Hph
I (26) 395 987
996 1942
2215 3393
3421 3551
3673 3688
3718 3797
4221 4308
5475 5758
5908 6278
6311 6519
6933 7160
8170 8373
8464 9707
Kpn
I (1) 625
Mae
I (13) 20 611
687 762
1117 2028
2148 4118
5549 6811
7146 7399
9990
Mae
II (23) 142 154
195 278
359 464
1481 3490
4109 4306
4464 4518
5364 6082
6402 6775
7191 8020
8479 8749
9721 10040
10172
Mae
III (30) 81 168
820 1020
1246 1396
1640 1724
1779
1931 2216 2230
2450 3486
3491 3540
3657 3802
4110 5913
6343 6531
6684 6742
7073 7356
7472 7535
8362 8745
Mbo
I (34) 605 715
952 1122
1800 2563
5406 5607
5717 5971
6321 6357
6374 6632
6678 6696
7037 7142
7154 7232
7240 7251
7326 8433
8498 8631
8816 8829
8919 9226
9346 9465
10029 10083
Mbo
II (24) 1169 1469
1809 1825
1837
5426 5450 5483
5893 5899
5956 6025
6221 6330
6408 7163
7236 7978
8245 8559
9142 9145
9656 10092
Mlu
I (2) 2381
8366
Mme
I (7) 3478
4147 5695 7500
7684 8545
9079
Mnl
I (162) 561 693
886 895
934 972
1002 1100
1113 1451
1462 1484
1521 1531
1753 1900
2010 2563
2627 2631
3257 3329
3387 3521
3633 3687
3693 3707
3738 3761
3879 4031
4036 4064
4181 4212
4231 4387
4461 4483
4531 4546
4555 4558
4570 4579
4582 4594
4603 4606
4618 4624
4639
4654 4657 4672
4681 4696
4705 4720
4729 4744
4753 4756
4771 4780
4783 4798
4807 4822
4831 4846
4855 4870
4885 4900
4915 4924
4933 4936
4951 4966
4975 4984
4999 5002
5017 5026
5035 5038
5053 5062
5065 5080
5083 5098
5107 5116
5119 5134
5143 5146
5161 5164
5179 5188
5197 5200
5215 5218
5233 5242
5251 5260
5263 5278
5281 5296
5311 5449
5452 5458
5464 5476
5491 5497
5588 5678
5697 5751
5763 5769
5814 5835
5847 5856
5904 5907
5913 5962
6036 6631
6837 6983
7064 7464
7715 7788
8005 8167
8334 8385
8535 8572
8796 9003
9042 9102
9129 9152
9200 9474
Msc
I (3) 2347
3556 10162
Mse
I (22) 27 849
910 1564
2059 2173
2301 3389
3629 3851
4134 6053
6425 6790
6829 7064
7117 7131
7136 7188
8358 8409
Msl
I (7) 385
3503 5391 6233
6592
7948 8195
Msp
I (46) 704 713
956 1012
1046 1138
1592 2508
2904 3230
3947 4073
4239 4298
4417 4530
4557 4581
4605 5379
5420 5512
5783 6467
6709 6819
6886 6920
7324 7514
7540 7687
7957 8231
8438 8677
8794 9027
9214 9240
9350 9356
9463 9512
9921 10033
MspA1 I (10) 1075 2265
3734 5796
6368 7309
7554 8782
9091 9234
Mun
I (2) 859
3511
Nae
I (1) 705
Nci
I (32) 1012 1047
1138 1592
1593 2508
2509 2905
3231 3948
4239 4240
4298 4299
4417 4530
4557 4581
4605 5420
5421 5783
6468 6819
7515 8231
8438 8439
9241 9357
9922 10034
Nco I (7)
380 2073 2666
5473
8807 9780
9866
Nde
I (16) 254 1583
1637 1658
2703 2763
2853 2913
2999 3029
3089 3179
3239 3269
3309 8905
NgoM I (1) 703
Nhe
I (1) 686
Nla
III (41) 324 384
727 1005
1107 1195
1247 1439
1720 1744
2077 2214
2670 3254
3418 3502
3523 3582
3904 5477
5592 5703
6004 6063
6168 6561
6597 6675
6685 7176
7929 8252
8811 8894
8929 9784
9870 9892
9901 10009
10215
Nla
IV (50) 487 623
717 1233
1261 1451
1452 1495
1520 1556
1688 2194
2311 2325
2326 2504
3951 3958
4170 4244
4280 4281
4399 5338
5339 5426
5516 5577
5891 5892
6117 6707
6918 6959
7053 7825
7864 8039
8143 8178
9031 9054
9238 9354
9520 9600
9645 9755
9775 9776
Not
I (1) 691
Nru
I (1) 8005
Nsi
I (1) 3256
Nsp7524 I (7) 1001
1191 1243 1435
3414 8248
9897
NspB II (10) 1075 2265
3734 5796
6368 7309
7554 8782
9091 9234
NspH I (7) 1005
1195 1247 1439
3418 8252
9901
PaeR7 I (1) 697
Pal
I (59) 104 297
693 703
712 1233
1452 1496
1555 2326
2347 2539
3397 3556
3934 3946
3959 4257
4281 4326
4382 4400
4451 4536
4560 4584
4608 5402
5553 5576
5837 5963
6026 6613
6880 6960
7418 7852
7870 7881
7930 7987
8038 8201
8375 8662
8806 8827
8855 9007
9080 9162
9397
9646 9703 9736
9754 9882
10162
PflM I (5) 2079
3941 4252 8102
8151
Ple
I (1) 7013
PpuM I (6) 1687
3846 5337 5563
5890 9774
Psp1406 I (3) 6402
6775 10040
PspA I (6) 1591
2507 4238 4297
5419 8437
Pst I (4)
6762 8399 8792
10059
Pvu
I (2) 6635
8819
Rsa
I (15) 239 319
352 403
560 623
660 1216
1440 5570
6523 9372
9425 9902
10196
Rsr
II (2) 8336
8863
Sac
I (2) 588
4132
Sac
II (2) 3735
9235
Sal
I (2) 1110
9993
Sau3A I (34) 605 715
952 1122
1800 2563
5406 5607
5717 5971
6321 6357
6374 6632
6678 6696
7037 7142
7154 7232
7240 7251
7326 8433
8498 8631
8816 8829
8919 9226
9346 9465
10029 10083
Sau96 I (56) 103 296
1231 1232
1260 1450
1451 1494
1518 1554
1687 2193
2324 2325
2537 2619
3846 3932
3944 3950
3957 4243
4255 4279
4280 4324
4398 4449
5337 5401
5500 5524
5563 5575
5890 6024
6640 6862
6879 6958
8037 8200
8336 8343
8854 8863
9005 9404
9598 9644
9702 9735
9753 9774
9838 9892
Sca
I (2) 6523
9425
ScrF I (61) 110 303
1012 1047
1138 1346
1447 1455
1592 1593
2186 2508
2509 2905
3231 3399
3432 3764
3936 3948
3954 4123
4239 4240
4265 4298
4299 4391
4417 4447
4483 4507
4530 4557
4581 4605
5420 5421
5429 5561
5573 5722
5783 5834
6468
6819 7515 7733
7746 7867
7918 8231
8438 8439
9241 9357
9603 9706
9884 9922
10034
Sec
I (54) 380 1136
1445 1446
1453 1591
2012 2073
2184 2506
2507 2508
2666 3324
3732 3763
3953 4237
4238 4239
4264 4297
4298 4446
4481 4505
4528 4555
4579 4603
5332 5419
5420 5473
5548 7732
8096 8196
8229 8339
8437 8438
8807 9008
9163 9232
9601 9602
9704 9705
9757 9780
9866 9883
SfaN I (23) 378 794
1033 1118
3865 4176
5918 6304
6551 6744
7796 7941
7951 8036
8308 8520
8664 8731
8803 8988
9218 9298
9320
Sfc I (8)
1286 4364 6758
7436
7627
8395 8788 10055
Sfi
I (1) 709
Sma
I (6) 1593
2509 4240 4299
5421 8439
SnaB I (1) 360
Spe
I (2) 19
2027
Spl
I (1) 658
Ssp
I (3) 6199
10103 10150
Stu
I (1) 5837
Sty
I (11) 380 2012
2073 2666
3324 5473
5548 8096
8807 9780
9866
Taq
I (23) 698 1111
1125 1666
1914 4551
4575 4599
5982 6350
7794 8306
8378 8486
8501 8510
8570 8987
9200 9302
9327 9619
9994
Tfi
I (11) 1752 1829
5592 5882
7970 8162
8551 8673
8873 9124
10096
Tsp45 I (15) 1020 1246
1724 1779
1931 3486
3491 3540
3802 4110
5913 6531
6742 8362
8745
Tth111 I (3) 8515
8959 9772
Tth111 II (11) 1279 2618
3337 4241
6012 7270
7300 7309
8675 9954
9999
Vsp
I (2) 27
6829
Xba
I (2) 610
1116
Xcm
I (3) 3285
4334 9755
Xho
I (1) 697
Xho
II (12) 605 715
5717 6357
6374 7142
7154 7240
7251 8433
10029 10083
Xma
I (6)
1591 2507 4238
4297
5419 8437
Xma
III (4) 691
8660 8825 9395
Xmn
I (1) 6404
Site usage in pHAHA:
Aat
II G,ACGT`C
6 Acc I GT`MK,AC 3
Acc65 I G`GTAC,C 1 Aci I C`CG,C 98
Afl
II C`TTAA,G
- Afl
III A`CRYG,T 4
Age
I A`CCGG,T
- Aha II GR`CG,YC 13
Ahd
I GACNN,N`NNGTC
2 Alu
I AG|CT 33
Alw
I GGATC
8/9 21
AlwN I
CAG,NNN`CTG 4
Apa
I G,GGCC`C
4 ApaL
I G`TGCA,C 5
Ase
I AT`TA,AT
2 Asp718 G`GTAC,C 1
Ava
I C`YCGR,G
9 Ava
II G`GWC,C 23
Avr
II C`CTAG,G
1 BamH
I G`GATC,C 1
Ban
I G`GYRC,C
6 Ban II G,RGCY`C 9
Bbe
I G,GCGC`C
- Bbs
I GAAGAC
8/12 3
Bbv
I GCAGC
13/17 15 Bbv II GAAGAC 7/11 3
Bcl
I T`GATC,A
- Bcn
I CC,S`GG 32
Bfa
I C`TA,G
13 Bgl
I GCCN,NNN`NGGC 8
Bgl
II A`GATC,T
2 Blp
I GC`TNA,GC -
Bpm
I CTGGAG
22/20 7 Bsa
I GGTCTC
7/11 4
BsaA I YAC|GTR 2
BsaB I
GATNN|NNATC 2
BsaH I GR`CG,YC
13 BsaJ
I C`CNNG,G 54
BsaW I W`CCGG,W
9 BseR
I GAGGAG
16/14 20
Bsg
I GTGCAG
22/20 2 BsiC I TT`CG,AA 1
BsiE I CG,RY`CG
9 BsiHKA
I G,WGCW`C 10
BsiW I C`GTAC,G
1 Bsm
I GAATG,C
7 3
BsmA I GTCTC`/9 13
BsmB I
CGTCTC 7/11
4
BsmF I GGGAC
15/19 18 BsoF I GC`N,GC 56
Bsp120 I G`GGCC,C
4 Bsp1286
I G,DGCH`C 2
BspH I T`CATG,A
3 BspM
I ACCTGC
10/14 4
BspM II T`CCGG,A
5 Bsr
I ACT,GG` 24
BsrB I GAG|CGG 7
BsrD I
GCAATG, 8 7
BsrG I T`GTAC,A
1 BssH
II G`CGCG,C -
BssS I C`TCGT,G
7 Bst1107
I GTA|TAC -
BstB I TT`CG,AA
1 BstE
II G`GTNAC,C 1
BstN I CC`W,GG
29 BstU
I CG|CG 39
BstX I CCAN,NNNN`NTGG
4 BstY
I R`GATC,Y 12
Bsu36 I CC`TNA,GG
2 Cac8
I GCN|NGC 37
Cfr10 I R`CCGG,Y
4 Cla
I AT`CG,AT 2
Csp6 I G`TA,C
15 Dde
I C`TNA,G 20
Dpn
I GA|TC 34 DpnII `GATC, 34
Dra
I TTT|AAA 4
Dra III
CAC,NNN`GTG 3
Drd
I GACNN,NN`NNGTC
6 Dsa
I C`CRYG,G 13
Eae
I Y`GGCC,R
9 Eag
I C`GGCC,G 4
Ear
I CTCTTC
7/10 5 Eco47 III AGC|GCT -
Eco57 I CTGAAG
21/19 5 Eco72 I CAC|GTG -
EcoN I CCTNN`N,NNAGG
2 EcoO109
I RG`GNC,CY 16
EcoR I G`AATT,C
3 EcoR
II `CCWGG, 29
EcoR V GAT|ATC 1
Ehe I
GGC|GCC -
Esp
I GC`TNA,GC
- Fnu4H
I GC`N,GC 56
Fok
I GGATG
14/18 21 Fse I GG,CCGG`CC -
Fsp
I TGC|GCA 2
Gdi II
`YGGC,CG 10
Gsu
I CTGGAG
21/19 7 Hae I WGG|CCW 15
Hae
II R,GCGC`Y
2 Hae
III GG|CC 59
Hga
I GACGC
9/14 23 HgiA I G,WGCW`C 10
HgiE II ACCNNNNNNGGT
-1/132 Hha
I G,CG`C
32
HinC II GTY|RAC 10
Hind II GTY|RAC 10
HinD III A`AGCT,T
1 Hinf
I G`ANT,C 21
HinI I GR`CG,YC
13 HinP
I G`CG,C 32
Hpa
I GTT|AAC 2
Hpa II
C`CG,G 46
Hph
I GGTGA
12/11 26 Kas I G`GCGC,C -
Kpn
I G,GTAC`C
1 Mae I C`TA,G 13
Mae
II A`CG,T
23 Mae III `GTNAC, 30
Mbo
I `GATC, 34
Mbo II
GAAGA 12/11 24
Mlu
I A`CGCG,T
2 Mme I TCCRAC
25/23 7
Mnl
I CCTC
10/10 162 Msc I TGG|CCA 3
Mse
I T`TA,A
22 Msl
I CAYNN|NNRTG 7
Msp
I C`CG,G
46 MspA1
I CMG|CKG 10
Mun
I C`AATT,G
2 Nae
I GCC|GGC 1
Nar
I GG`CG,CC
- Nci
I CC`S,GG 32
Nco
I C`CATG,G
7 Nde
I CA`TA,TG 16
NgoM I G`CCGG,C
1 Nhe
I G`CTAG,C 1
Nla
III ,CATG`
41 Nla
IV GGN|NCC 50
Not
I GC`GGCC,GC
1 Nru
I TCG|CGA 1
Nsi
I A,TGCA`T
1 Nsp7524
I R`CATG,Y 7
NspB II CMG|CKG 10
NspH I
R,CATG`Y 7
PaeR7 I C`TCGA,G
1 Pal I GG|CC 59
PflM I CCAN,NNN`NTGG
5 Ple
I GAGTC
9/10 1
Pme
I CTTT|AAAC -
Pml I
CAC|GTG -
PpuM I RG`GWC,CY
6 Psp1406
I AA`CG,TT 3
PspA I C`CCGG,G
6 Pst
I C,TGCA`G 4
Pvu
I CG,AT`CG
2 Pvu
II CAG|CTG -
Rsa
I GT|AC 15 Rsr II CG`GWC,CG 2
Sac
I G,AGCT`C
2 Sac II CC,GC`GG 2
Sal
I G`TCGA,C
2 Sap I GCTCTTC
8/11 -
Sau3A I `GATC, 34
Sau96 I
G`GNC,C 56
Sca
I AGT|ACT 2
ScrF I
CC`N,GG 61
Sec
I C`CNNG,G
54 SfaN
I GCATC
9/13 23
Sfc
I C`TRYA,G
8 Sfi
I GGCCN,NNN`NGGCC 1
Sma
I CCC|GGG 6
SnaB I
TAC|GTA 1
Spe
I A`CTAG,T
2 Sph
I G,CATG`C -
Spl
I C`GTAC,G
1 Srf
I GCCC|GGGC -
Ssp
I AAT|ATT 3
Stu I
AGG|CCT
1
Sty
I C`CWWG,G
11 Taq
I T`CG,A 23
Tfi
I G`AWT,C
11 Tsp45
I `GTSAC, 15
Tth111 I GACN`N,NGTC
3 Tth111
II CAARCA
16/14 11
Vsp
I AT`TA,AT
2 Xba
I T`CTAG,A 2
Xca
I GTA|TAC -
Xcm I
CCANNNN,N`NNNNTGG3
Xho
I C`TCGA,G
1 Xho
II R`GATC,Y 12
Xma
I C`CCGG,G
6 Xma
III C`GGCC,G 4