Unique enzymes in pMOLUC:

 

Nco I       C`CATG,G        87

BstE II     G`GTNAC,C       95

PflM I      CCAN,NNN`NTGG   106

Dra III     CAC,NNN`GTG     106

Bsm I       GAATG,C 7       116

Bsg I       GTGCAG 22/20    116

BsiC I      TT`CG,AA        118

BstB I      TT`CG,AA        118

EcoR I      G`AATT,C        120

BspM I      ACCTGC 10/14    138

Sal I       G`TCGA,C        144

Bsu36 I     CC`TNA,GG       150

PspA I      C`CCGG,G        165

Xma I       C`CCGG,G        165

Sma I       CCC|GGG         167

Bsp120 I    G`GGCC,C        168

Apa I       G,GGCC`C        172

BamH I      G`GATC,C        181

Mun I       C`AATT,G        186

Bcl I       T`GATC,A        195

Bgl II      A`GATC,T        208

BssH II     G`CGCG,C        214

EcoR V      GAT|ATC         226

Sph I       G,CATG`C        250

Nhe I       G`CTAG,C        250

Xba I       T`CTAG,A        262

Acc65 I     G`GTAC,C        268

Asp718      G`GTAC,C        268

Age I       A`CCGG,T        271

Kpn I       G,GTAC`C        272

Hpa I       GTT|AAC         280

NgoM I      G`CCGG,C        288

Nae I       GCC|GGC         290

SnaB I      TAC|GTA         296

BspM II     T`CCGG,A        303

Stu I       AGG|CCT         319

Avr II      C`CTAG,G        320

Nsi I       A,TGCA`T        330

Not I       GC`GGCC,GC      336

Eag I       C`GGCC,G        336

Xma III     C`GGCC,G        336

Kas I       G`GCGC,C        351

Nar I       GG`CG,CC        352

Ehe I       GGC|GCC         353

Bbe I       G,GCGC`C        355

Mlu I       A`CGCG,T        363

BsiW I      C`GTAC,G        366

Spl I       C`GTAC,G        366

Nru I       TCG|CGA         374

Sac II      CC,GC`GG        381

BsrG I      T`GTAC,A        387

PaeR7 I     C`TCGA,G        396

Xho I       C`TCGA,G        396

Sac I       G,AGCT`C        397

Spe I       A`CTAG,T        406

Msc I       TGG|CCA         413

Eco72 I     CAC|GTG         417

Pml I       CAC|GTG         417

Sfi I       GGCCN,NNN`NGGCC 419

Afl II      C`TTAA,G        431

HinD III    A`AGCT,T        434

BsmB I      CGTCTC 7/11     982

Sap I       GCTCTTC 8/11    1223

Ahd I       GACNN,N`NNGTC   2232

Bsa I       GGTCTC 7/11     2293

Bbs I       GAAGAC 8/12     3210

Bbv II      GAAGAC 7/11     3211

Number of enzymes = 67

 

The following enzymes do not cut in pMOLUC:

 

Asc I       Blp I       BseR I      Bsp1286 I   BstX I

EcoN I      Esp I       Fse I       Pme I       PpuM I

 

pMOLUC: sites sorted by name:

 

Aat II      (2)   145      3154

Acc I       (3)   145      298      1111

Acc65 I     (1)   268

Aci I       (41)  335      339      378      380

                  630      633      644      800

                  816      871      927      1012

                  1051     1061     1103     1128

                  1166     1179     1205     1222

                  1265     1272     1293     1384

                  1412     1539     1558     1679

                  1789     1924     1933     2295

                  2386     2577     2623     2744

                  2788     2865     2974     3073

                  3120

Afl II      (1)   431

Afl III     (3)   363      384      1339

Age I       (1)   271

Aha II      (4)   142      352      2769     3151

Ahd I       (1)   2232

Alu I       (21)  9        31       64       254

                  348      395      436      477

                  864      921      932      981

                  1000     1281     1507     1597

                  1643     1900     2421     2521

                  2584

Alw I       (11)  177      188      540      1901

                  1987     1987     2084     2085

                  2549     2864     2870

AlwN I      (2)   130      1755

Apa I       (1)   172

ApaL I      (4)   425      1155     1653     2899

Apo I       (2)   120      238

Ase I       (2)   312      2404

Asp718      (1)   268

Ava I       (2)   165      396

Ava II      (3)   626      2370     2592

Avr II      (1)   320

BamH I      (1)   181

Ban I       (3)   268      351      2180

Ban II      (2)   172      397

Bbe I       (1)   355

Bbs I       (1)   3210

Bbv I       (8)   357      941      990      1087

                  1758     1761     1967     2661

Bbv II      (1)   3211

Bcl I       (1)   195

Bcn I       (9)   167      168      532      680

                  986      1021     1720     2416

                  2767

Bfa I       (7)   251      263      321      407

                  1834     2087     2422

Bgl I       (2)   419      2352

Bgl II      (1)   208

Bpm I       (3)   102      868      2302

Bsa I       (1)   2293

BsaA I      (3)   296      417      1093

BsaB I      (2)   224      538

BsaH I      (4)   142      352      2769     3151

BsaJ I      (5)   87       165      320      378

                  1499

BsaW I      (5)   271      303      1545     1692

                  2523

Bsg I       (1)   116

BsiC I      (1)   118

BsiE I      (7)   222      339      378      1255

                  1679     2602     2751

BsiHKA I    (6)   397      429      1159     1657

                  2818     2903

BsiW I      (1)   366

Bsm I       (1)   116

BsmA I      (3)   983      2294     3068

BsmB I      (1)   982

BsmF I      (2)   153      612

BsoF I      (25)  336      339      346      552

                  633      930      933      979

                  1076     1129     1245     1263

                  1266     1384     1539     1682

                  1747     1750     1956     2284

                  2473     2623     2650     2745

                  2974

Bsp120 I    (1)   168

BspH I      (4)   201      2059     3067     3172

BspM I      (1)   138

BspM II     (1)   303

Bsr I       (13)  518      648      672      1087

                  1118     1746     1759     1873

                  2279     2397     2440     2707

                  2879

BsrB I      (2)   1272     3073

BsrD I      (3)   198      2293     2467

BsrG I      (1)   387

BssH II     (1)   214

BssS I      (3)   1512     2896     3203

Bst1107 I   (2)   299      1112

BstB I      (1)   118

BstE II     (1)   95

BstN I      (3)   1367     1488     1501

BstU I      (14)  216      218      365      374

                  380      871      940      942

                  1045     1386     1967     2297

                  2790     3122

BstY I      (9)   181      208      533      1980

                  1991     2077     2089     2857

                  2874

Bsu36 I     (1)   150

Cac8 I      (16)  216      248      252      290

                  343      350      438      556

                  598      816      1270     1356

                  1393     1953     2344     2477

Cfr10 I     (3)   271      288      2312

Cla I       (2)   222      358

Csp6 I      (7)   68       269      367      388

                  404      1146     2711

Dde I       (8)   150      609      1149     1614

                  2023     2189     2729     3155

Dpn I       (18)  183      197      210      221

                  535      1907     1982     1993

                  2001     2079     2091     2196

                  2537     2555     2601     2859

                  2876     2912

DpnII       (18)  181      195      208      219

                  533      1905     1980     1991

                  1999     2077     2089     2194

                  2535     2553     2599     2857

                  2874     2910

Dra I       (4)   237      2098     2117     2809

Dra III     (1)   106

Drd I       (2)   1034     1447

Dsa I       (2)   87       378

Eae I       (4)   336      411      516      2620

Eag I       (1)   336

Ear I       (2)   1223     3027

Eco47 III   (2)   232      595

Eco57 I     (2)   1886     2900

Eco72 I     (1)   417

EcoO109 I   (2)   169      3208

EcoR I      (1)   120

EcoR II     (3)   1365     1486     1499

EcoR V      (1)   226

Ehe I       (1)   353

Fnu4H I     (25)  336      339      346      552

                  633      930      933      979

                  1076     1129     1245     1263

                  1266     1384     1539     1682

                  1747     1750     1956     2284

                  2473     2623     2650     2745

                  2974

Fok I       (9)   337      560      622      700

                  886      1027     2198     2379

                  2666

Fsp I       (2)   245      2454

Gdi II      (4)   335      337      515      2619

Gsu I       (3)   101      867      2303

Hae I       (5)   319      413      1354     1365

                  1817

Hae II      (5)   234      355      597      1217

                  1587

Hae III     (15)  170      319      338      413

                  422      518      814      1354

                  1365     1383     1817     2275

                  2355     2622     3209

Hga I       (5)   876      1035     1449     2027

                  2759

HgiA I      (6)   397      429      1159     1657

                  2818     2903

HgiE II     (2)   1157     1918

Hha I       (20)  216      218      233      246

                  354      596      942      1045

                  1075     1216     1249     1519

                  1586     1686     1860     1969

                  2362     2455     2792     3124

HinC II     (3)   146      280      2773

Hind II     (3)   146      280      2773

HinD III    (1)   434

Hinf I      (6)   497      895      1239     1314

                  1710     2227

HinI I      (4)   142      352      2769     3151

HinP I      (20)  214      216      231      244

                  352      594      940      1043

                  1073     1214     1247     1517

                  1584     1684     1858     1967

                  2360     2453     2790     3122

Hpa I       (1)   280

Hpa II      (17)  166      272      289      304

                  531      678      985      1019

                  1546     1693     1719     1909

                  2313     2347     2414     2524

                  2766

Hph I       (8)   106      960      969      2076

                  2303     2717     2925     2958

Kas I       (1)   351

Kpn I       (1)   272

Mae I       (7)   251      263      321      407

                  1834     2087     2422

Mae II      (12)  102      142      282      295

                  369      416      666      1092

                  2042     2458     2831     3151

Mae III     (14)  95       673      696      780

                  993      1088     1695     1758

                  1874     2157     2488     2546

                  2699     2887

Mbo I       (18)  181      195      208      219

                  533      1905     1980     1991

                  1999     2077     2089     2194

                  2535     2553     2599     2857

                  2874     2910

Mbo II      (7)   1211     2000     2073     2828

                  2906     3015     3211

Mlu I       (1)   363

Mme I       (2)   1553     1737

Mnl I       (18)  53       65       145      259

                  668      726      765      945

                  975      1237     1447     1520

                  1771     2171     2252     2398

                  2604     3199

Msc I       (1)   413

Mse I       (18)  39       236      279      312

                  432      586      806      838

                  1120     2045     2097     2102

                  2116     2169     2404     2443

                  2808     3180

Msl I       (2)   2484     2643

Msp I       (17)  166      272      289      304

                  531      678      985      1019

                  1546     1693     1719     1909

                  2313     2347     2414     2524

                  2766

MspA1 I     (7)   348      380      932      1051

                  1681     1926     2867

Mun I       (1)   186

Nae I       (1)   290

Nar I       (1)   352

Nci I       (9)   166      167      531      679

                  985      1020     1719     2415

                  2766

Nco I       (1)   87

Nde I       (2)   330      1162

NgoM I      (1)   288

Nhe I       (1)   250

Nla III     (20)  20       91       139      205

                  250      388      466      686

                  750      813      978      1083

                  1343     2063     2554     2564

                  2642     2678     3071     3176

Nla IV      (13)  85       170      183      270

                  353      628      1371     1410

                  2182     2276     2317     2528

                  3118

Not I       (1)   336

Nru I       (1)   374

Nsi I       (1)   330

Nsp7524 I   (5)   246      384      682      974

                  1339

NspB II     (7)   348      380      932      1051

                  1681     1926     2867

NspH I      (5)   250      388      686      978

                  1343

PaeR7 I     (1)   396

Pal I       (15)  170      319      338      413

                  422      518      814      1354

                  1365     1383     1817     2275

                  2355     2622     3209

PflM I      (1)   106

Ple I       (2)   505      1718

Pml I       (1)   417

Psp1406 I   (4)   282      666      2458     2831

PspA I      (1)   165

Pst I       (2)   347      2477

Pvu I       (2)   222      2602

Pvu II      (2)   348      932

Rsa I       (7)   69       270      368      389

                  405      1147     2712

Sac I       (1)   397

Sac II      (1)   381

Sal I       (1)   144

Sap I       (1)   1223

Sau3A I     (18)  181      195      208      219

                  533      1905     1980     1991

                  1999     2077     2089     2194

                  2535     2553     2599     2857

                  2874     2910

Sau96 I     (10)  168      169      420      626

                  813      2274     2353     2370

                  2592     3208

Sca I       (2)   405      2712

ScrF I      (12)  166      167      531      679

                  985      1020     1367     1488

                  1501     1719     2415     2766

Sec I       (5)   87       165      320      378

                  1499

SfaN I      (14)  316      539      547      643

                  721      783      1006     1139

                  1177     1215     1435     2487

                  2680     2927

Sfc I       (6)   255      343      490      1604

                  1795     2473

Sfi I       (1)   419

Sma I       (1)   167

SnaB I      (1)   296

Spe I       (1)   406

Sph I       (1)   250

Spl I       (1)   366

Ssp I       (2)   310      3036

Stu I       (1)   319

Sty I       (2)   87       320

Taq I       (8)   33       118      145      222

                  358      397      1439     2883

Tfi I       (2)   895      1314

Tsp45 I     (6)   95       780      993      1088

                  2488     2699

Tth111 I    (2)   101      1086

Tth111 II   (4)   801      1928     1937     1967

Vsp I       (2)   312      2404

Xba I       (1)   262

Xca I       (2)   299      1112

Xho I       (1)   396

Xho II      (9)   181      208      533      1980

                  1991     2077     2089     2857

                  2874

Xma I       (1)   165

Xma III     (1)   336

Xmn I       (3)   114      899      2831

 

Site usage in pMOLUC:

 

Aat II     G,ACGT`C         2     Acc I      GT`MK,AC         3

Acc65 I    G`GTAC,C         1     Aci I      C`CG,C           41

Afl II     C`TTAA,G         1     Afl III    A`CRYG,T         3

Age I      A`CCGG,T         1     Aha II     GR`CG,YC         4

Ahd I      GACNN,N`NNGTC    1     Alu I      AG|CT            21

Alw I      GGATC 8/9        11    AlwN I     CAG,NNN`CTG      2

Apa I      G,GGCC`C         1     ApaL I     G`TGCA,C         4

Apo I      R`AATT,Y         2     Asc I      GG`CGCG,CC       -

Ase I      AT`TA,AT         2     Asp718     G`GTAC,C         1

Ava I      C`YCGR,G         2     Ava II     G`GWC,C          3

Avr II     C`CTAG,G         1     BamH I     G`GATC,C         1

Ban I      G`GYRC,C         3     Ban II     G,RGCY`C         2

Bbe I      G,GCGC`C         1     Bbs I      GAAGAC 8/12      1

Bbv I      GCAGC 13/17      8     Bbv II     GAAGAC 7/11      1

Bcl I      T`GATC,A         1     Bcn I      CC,S`GG          9

Bfa I      C`TA,G           7     Bgl I      GCCN,NNN`NGGC    2

Bgl II     A`GATC,T         1     Blp I      GC`TNA,GC        -

Bpm I      CTGGAG 22/20     3     Bsa I      GGTCTC 7/11      1

BsaA I     YAC|GTR          3     BsaB I     GATNN|NNATC      2

BsaH I     GR`CG,YC         4     BsaJ I     C`CNNG,G         5

BsaW I     W`CCGG,W         5     BseR I     GAGGAG 16/14     -

Bsg I      GTGCAG 22/20     1     BsiC I     TT`CG,AA         1

BsiE I     CG,RY`CG         7     BsiHKA I   G,WGCW`C         6

BsiW I     C`GTAC,G         1     Bsm I      GAATG,C 7        1

BsmA I     GTCTC`/9         3     BsmB I     CGTCTC 7/11      1

BsmF I     GGGAC 15/19      2     BsoF I     GC`N,GC          25

Bsp120 I   G`GGCC,C         1     Bsp1286 I  G,DGCH`C         -

BspH I     T`CATG,A         4     BspM I     ACCTGC 10/14     1

BspM II    T`CCGG,A         1     Bsr I      ACT,GG`          13

BsrB I     GAG|CGG          2     BsrD I     GCAATG, 8        3

BsrG I     T`GTAC,A         1     BssH II    G`CGCG,C         1

BssS I     C`TCGT,G         3     Bst1107 I  GTA|TAC          2

BstB I     TT`CG,AA         1     BstE II    G`GTNAC,C        1

BstN I     CC`W,GG          3     BstU I     CG|CG            14

BstX I     CCAN,NNNN`NTGG   -     BstY I     R`GATC,Y         9

Bsu36 I    CC`TNA,GG        1     Cac8 I     GCN|NGC          16

Cfr10 I    R`CCGG,Y         3     Cla I      AT`CG,AT         2

Csp6 I     G`TA,C           7     Dde I      C`TNA,G          8

Dpn I      GA|TC            18    DpnII      `GATC,           18

Dra I      TTT|AAA          4     Dra III    CAC,NNN`GTG      1

Drd I      GACNN,NN`NNGTC   2     Dsa I      C`CRYG,G         2

Eae I      Y`GGCC,R         4     Eag I      C`GGCC,G         1

Ear I      CTCTTC 7/10      2     Eco47 III  AGC|GCT          2

Eco57 I    CTGAAG 21/19     2     Eco72 I    CAC|GTG          1

EcoN I     CCTNN`N,NNAGG    -     EcoO109 I  RG`GNC,CY        2

EcoR I     G`AATT,C         1     EcoR II    `CCWGG,          3

EcoR V     GAT|ATC          1     Ehe I      GGC|GCC          1

Esp I      GC`TNA,GC        -     Fnu4H I    GC`N,GC          25

Fok I      GGATG 14/18      9     Fse I      GG,CCGG`CC       -

Fsp I      TGC|GCA          2     Gdi II     `YGGC,CG         4

Gsu I      CTGGAG 21/19     3     Hae I      WGG|CCW          5

Hae II     R,GCGC`Y         5     Hae III    GG|CC            15

Hga I      GACGC 9/14       5     HgiA I     G,WGCW`C         6

HgiE II    ACCNNNNNNGGT -1/132     Hha I      G,CG`C           20

HinC II    GTY|RAC          3     Hind II    GTY|RAC          3

HinD III   A`AGCT,T         1     Hinf I     G`ANT,C          6

HinI I     GR`CG,YC         4     HinP I     G`CG,C           20

Hpa I      GTT|AAC          1     Hpa II     C`CG,G           17

Hph I      GGTGA 12/11      8     Kas I      G`GCGC,C         1

Kpn I      G,GTAC`C         1     Mae I      C`TA,G           7

Mae II     A`CG,T           12    Mae III    `GTNAC,          14

Mbo I      `GATC,           18    Mbo II     GAAGA 12/11      7

Mlu I      A`CGCG,T         1     Mme I      TCCRAC 25/23     2

Mnl I      CCTC 10/10       18    Msc I      TGG|CCA          1

Mse I      T`TA,A           18    Msl I      CAYNN|NNRTG      2

Msp I      C`CG,G           17    MspA1 I    CMG|CKG          7

Mun I      C`AATT,G         1     Nae I      GCC|GGC          1

Nar I      GG`CG,CC         1     Nci I      CC`S,GG          9

Nco I      C`CATG,G         1     Nde I      CA`TA,TG         2

NgoM I     G`CCGG,C         1     Nhe I      G`CTAG,C         1

Nla III    ,CATG`           20    Nla IV     GGN|NCC          13

Not I      GC`GGCC,GC       1     Nru I      TCG|CGA          1

Nsi I      A,TGCA`T         1     Nsp7524 I  R`CATG,Y         5

NspB II    CMG|CKG          7     NspH I     R,CATG`Y         5

PaeR7 I    C`TCGA,G         1     Pal I      GG|CC            15

PflM I     CCAN,NNN`NTGG    1     Ple I      GAGTC 9/10       2

Pme I      CTTT|AAAC        -     Pml I      CAC|GTG          1

PpuM I     RG`GWC,CY        -     Psp1406 I  AA`CG,TT         4

PspA I     C`CCGG,G         1     Pst I      C,TGCA`G         2

Pvu I      CG,AT`CG         2     Pvu II     CAG|CTG          2

Rsa I      GT|AC            7     Rsr II     CG`GWC,CG        -

Sac I      G,AGCT`C         1     Sac II     CC,GC`GG         1

Sal I      G`TCGA,C         1     Sap I      GCTCTTC 8/11     1

Sau3A I    `GATC,           18    Sau96 I    G`GNC,C          10

Sca I      AGT|ACT          2     ScrF I     CC`N,GG          12

Sec I      C`CNNG,G         5     SfaN I     GCATC 9/13       14

Sfc I      C`TRYA,G         6     Sfi I      GGCCN,NNN`NGGCC  1

Sma I      CCC|GGG          1     SnaB I     TAC|GTA          1

Spe I      A`CTAG,T         1     Sph I      G,CATG`C         1

Spl I      C`GTAC,G         1     Srf I      GCCC|GGGC        -

Ssp I      AAT|ATT          2     Stu I      AGG|CCT          1

Sty I      C`CWWG,G         2     Taq I      T`CG,A           8

Tfi I      G`AWT,C          2     Tsp45 I    `GTSAC,          6

Tth111 I   GACN`N,NGTC      2     Tth111 II  CAARCA 16/14     4

Vsp I      AT`TA,AT         2     Xba I      T`CTAG,A         1

Xca I      GTA|TAC          2     Xcm I      CCANNNN,N`NNNNTGG-

Xho I      C`TCGA,G         1     Xho II     R`GATC,Y         9

Xma I      C`CCGG,G         1     Xma III    C`GGCC,G         1