Multiple Cloning
Site Sequence
Xho I HinD III Sac II
Bgl II
Sac I EcoR I Sal I Kpn I
End
of mRFP | | | |
| |
| |
1262
tcc acc ggc gcc AGA TCT
CGA GCT CAA
GCT TCG AAT
TCT GCA GTC
GAC GGT ACC GCG GG
Ser Thr Gly
Sma I
Xma I BamH
I Xba I (methylated)
| | | |
C CCG GGA TCC
ACC GGA TCT AGA
TAA CTG
ATC
ATAATCAGCCATACCACATTTGTAGAGGT 1380
Unique enzymes in pMRFP-C1:
Ase
I AT`TA,AT 8
Vsp
I AT`TA,AT 8
Nde
I CA`TA,TG 235
SnaB I TAC|GTA 341
Ahd
I GACNN,N`NNGTC 779
Bbv
II GAAGAC
7/11 1019
Bbs
I GAAGAC
8/12 1020
PflM I CCAN,NNN`NTGG 1024
BstX I CCAN,NNNN`NTGG 1142
Bsg
I GTGCAG
22/20 1179
BssH II G`CGCG,C 1244
Bgl
II A`GATC,T 1275
PaeR7 I C`TCGA,G 1279
Xho
I C`TCGA,G 1279
Sac
I G,AGCT`C
1286
HinD III A`AGCT,T 1288
EcoR I G`AATT,C 1295
Sal
I G`TCGA,C 1305
Acc
I GT`MK,AC 1306
Acc65 I G`GTAC,C 1311
Asp718 G`GTAC,C 1311
Kpn
I G,GTAC`C
1315
Sac
II CC,GC`GG
1318
Bsp120 I G`GGCC,C 1319
PspA I C`CCGG,G 1322
Xma
I C`CCGG,G 1322
Apa
I G,GGCC`C
1323
Sma
I CCC|GGG 1324
BamH I G`GATC,C 1326
Xba
I T`CTAG,A 1338
Bcl
I T`GATC,A 1348
Mun
I C`AATT,G 1441
Hpa
I GTT|AAC 1454
Mlu
I A`CGCG,T 1577
Dra
III CAC,NNN`GTG
1807
Sfi
I GGCCN,NNN`NGGCC 2466
Cla
I AT`CG,AT 2531
Eag
I C`GGCC,G 2597
Xma
III C`GGCC,G 2597
Tth111 I GACN`N,NGTC 2809
BsrD I GCAATG, 8 2924
Bsp1286 I G,DGCH`C
2994
Rsr
II CG`GWC,CG 3207
Bsa I GGTCTC
7/11 3680
EcoO109 I RG`GNC,CY 3789
HgiE II ACCNNNNNNGGT -1/134020
ApaL I G`TGCA,C 4295
Number
of enzymes = 47
The following
enzymes do not cut in pMRFP-C1:
Afl
II Age I Asc I Blp I BsiW I
BsmB I BspM II BsrG I Bst1107 I Eco47 III
Eco72 I EcoN
I EcoR
V Esp I Fse I
Nhe
I Not I Nru I Pme I Pml I
PpuM I Psp1406 I Pvu I Sca I Spe I
Spl
I Srf
I Xca
I Xcm
I Xmn I
pMRFP-C1:
sites sorted by name:
Aat
II (5) 126
179 262 448
619
Acc
I (1) 1306
Acc65 I (1) 1311
Aci
I (65) 59 87
99 113
280 371
404 508
529 590
704 727
751 826
904 973
1043 1108
1256 1315
1317 1951
1978 2006
2009 2023
2066 2113
2176 2361
2373 2382
2394 2404
2415 2461
2600
2663 2757 2821
2922 2925
3165 3205
3210 3260
3276 3302
3358 3427
3430 3496
3578 3643
3710 3783
4017
4026 4161 4271
4392 4411
4538 4566
4657
Afl
III (2) 1577
4609
Aha
II (12) 123 176
259 445
616 1063
1120 1171
1270 2691
3393 3472
Ahd
I (1) 779
Alu
I (20) 567 734
851 968
1097 1163
1193 1284
1290 1470
1637 1894
2189 2477
2797 3255
4052 4309
4355 4445
Alw
I (15) 582 1322
1333 1342
2558 2869
2936 3115
3480 3507
3866 3867
3964 3964 4050
AlwN I (2) 3792
4200
Apa I (1)
1323
ApaL I (1) 4295
Ase I (1)
8
Asp718 (1) 1311
Ava
I (4) 861
1053 1279 1322
Ava
II (2) 3207
3652
Avr
II (2) 2513
3528
BamH I (1) 1326
Ban
I (10) 466 717
975 1062
1170 1269
1311 1844
2690 2725
Ban
II (6) 660
1286 1323 1882
3056 3766
Bbe
I (4)
1066 1174 1273
2694
Bbs
I (1) 1020
Bbv
I (7) 1172
1479 2764 2806
3327 3780
4280
Bbv
II (1) 1019
Bcl
I (1) 1348
Bcn
I (7) 1169
1324 1325 2696
2856 3469
4233
Bfa
I (8) 593
1339 1540 1958
2514 3529
3863 4116
Bgl
I (4) 91
213 284 2466
Bgl
II (1) 1275
Bpm
I (2) 3474
3531
Bsa I (1)
3680
BsaA I (4) 341
815 1807 2995
BsaB I (2) 1353
2550
BsaH I (12) 123 176
259 445
616 1063
1120 1171
1270 2691
3393 3472
BsaJ I (28) 361 598
610 745
769 805
862 922
1018 1054
1123 1249
1315 1322
2225 2297
2420 2455
2464 2513
2854 3123
3528 3655
3656 3758
3759 4449
BsaW I (5) 1332
2722 3566 4256
4403
BseR I (3) 596
920 2509
Bsg
I (1) 1179
BsiC I (2) 1293
3373
BsiE I (2)
2600 4275
BsiHKA I (4) 1286
2804 2994 4299
Bsm
I (2) 1442
1535
BsmA I (5) 434
2116 2534 3553
3681
BsmF I (12) 176 327
495 767
786 2207
2279 2343
2842 3374
3483 3638
BsoF I (37) 704 752
905 969
974 1109
1161 1164
1256 1468
1987 2009
2023 2461
2600 2652
2663 2753
2758 2795
2836 2923
2926 2929
3165 3261
3302 3316
3430 3769
3784 3995
4201 4204
4269 4412
4567
Bsp120 I (1) 1319
Bsp1286 I (1) 2994
BspH I (2) 2117
3889
BspM I (3) 2578
2959 3409
Bsr
I (9) 297
795 1721 2399
2634 2835
4081 4195
4208
BsrB I (5) 1043
1951 2115 3304
3358
BsrD I (1) 2924
BssH II (1) 1244
BssS I (4) 672
3283 3409 4436
BstB I (2) 1293
3373
BstE II (2) 740
911
BstN I (13) 91 284
770 924
2227 2282
2299 3078
3657 3760
4450 4463
4584
BstU I (19) 61 883
973 1246
1317 1579
1615 1991
2011 2035
2066 2757
3058 3496
3580 3643
3712 3985
4566
BstX I (1) 1142
BstY I (11) 586 1275
1326 1335
2862 3108
3500 3859
3871 3957
3968
Bsu36 I (2) 2171
3803
Cac8 I (29) 87 280
1246 1319
1910 1953
1967 2240
2259 2312
2331 2585
2771 2990
3056 3062
3090 3094
3135 3139
3193 3476
3663 3710
3766 3788
3999 4559
4596
Cfr10 I (5) 1266
1908 3010 3191
3474
Cla
I (1) 2531
Csp6 I (11) 219 244
299 332
383 540
797 1049
1238 1312
2996
Dde
I (7) 787
2171 2473 3354
3803 3926
4335
Dpn
I (23) 588 684
1080 1277
1328 1337
1350 2530
2534 2553
2864 2942
3023 3032
3110 3486
3502 3861
3873 3951
3959 3970
4045
DpnII (23) 586 682
1078 1275
1326 1335
1348 2528
2532 2551
2862 2940
3021 3030
3108 3484
3500 3859
3871 3949
3957 3968
4043
Dra
I (3) 1393
3835 3854
Dra
III (1) 1807
Drd
I (4) 1125
1762 2718 4507
Dsa
I (6) 361
598 1018 1315
2420 3123
Eae
I (7) 668
1109 1144 2597
2771 3162
3189
Eag
I (1) 2597
Ear
I (3) 2158
3035 3245
Eco57 I (7) 755
1088 1112 1118
2836 3268
4068
EcoO109 I (1) 3789
EcoR I (1) 1295
EcoR II (13) 89 282
768 922
2225 2280
2297 3076
3655 3758
4448 4461
4582
Ehe
I (4) 1064
1172 1271 2692
Fnu4H I (37) 704 752
905 969
974 1109
1161 1164
1256 1468
1987 2009
2023 2461
2600 2652
2663 2753
2758 2795
2836 2923
2926 2929
3165 3261
3302 3316
3430 3769
3784 3995
4201 4204
4269 4412
4567
Fok
I (8)
762 819 1058
2364
2558 3015
3040 3494
Fsp
I (2) 648
2793
Gdi
II (6) 669
1110 2596 2598
3161 3188
Gsu
I (2) 3475
3530
Hae
I (9) 603
810 1032 1146
2512 2773
4135 4587
4598
Hae
II (7) 1066
1174 1273 1958
1966 2694
4369
Hae
III (30) 85 278
603 670
703
754 810 997
1032 1111
1146 1255
1321 1657
1799 2454
2460 2469
2512 2599
2773 3164
3191 3700
3757 3790
4135 4569
4587 4598
Hga
I (7) 526
1127 2025 3400
3479 3920
4498
HgiA I (4) 1286
2804 2994 4299
HgiE II (1) 4020
Hha
I (29) 637 649
883 973
1065 1173
1246 1248
1272 1957
1965 1991
2013 2022
2035 2066
2685 2693
2757 2794
3060 3320
3496 3582
3985 4094
4268 4368
4435
HinC II (2) 1307
1454
Hind
II (2) 1307
1454
HinD III (1) 1288
Hinf I (12) 411 927
1734 1756
2166 3176
3310 3362
3420 3457
4239 4635
HinI I (12) 123 176
259 445
616 1063
1120 1171
1270 2691
3393 3472
HinP I (29) 635 647
881 971
1063 1171
1244 1246
1270 1955
1963 1989
2011 2020
2033 2064
2683 2691
2755 2792
3058 3318
3494 3580
3983 4092
4266 4366
4433
Hpa
I (1) 1454
Hpa
II (20) 1168 1267
1323 1333
1909 2596
2673 2695
2723 2854
2944 3011
3192 3467
3475 3567
4041 4231
4257 4404
Hph
I (9) 376
751 922 973
1194 1809
2870 3761
3877
Kas
I (4) 1062
1170 1269 2690
Kpn
I (1) 1315
Mae
I (8) 593
1339 1540 1958
2514 3529
3863 4116
Mae
II (16) 123 135
176 259
340 445
616 814
1751 1763
1806 1916
2807 2994
3775 3908
Mae
III (15) 62 149
498 740
911 917
1479 1980
1992 2811
3117 3807
4073 4189
4252
Mbo
I (23) 586 682
1078 1275
1326 1335
1348 2528
2532 2551
2862 2940
3021 3030
3108 3484
3500 3859
3871 3949
3957 3968
4043
Mbo
II (11) 1021 1024
1946 2174
3051 3261
3343 3510
3710 3880
3953
Mlu
I (1) 1577
Mme
I (4) 1014
1783 4217 4401
Mnl
I (45) 542 605
613 616
647 680
686 692
707 795
857 890
940 997
1022 1042
1049 1081
1118 1208
1213 1244
1370 1409
1418 1835
2166 2444
2450 2473
2479 2487
2490 2502
2542 2606
2742 3099
3291 3497
3529
3811 4181 4432
4505
Msc
I (2) 1146
2773
Mse
I (15) 8 1392
1453 1574
1595 1606
1618 1629
1646 1744
2015 3834
3848
3853 3905
Msl
I (2) 366
3128
Msp
I (20) 1168 1267
1323 1333
1909 2596
2673 2695
2723 2854
2944 3011
3192 3467
3475 3567
4041 4231
4257 4404
MspA1 I (6) 1163
1317 2189 2797
4026 4271
Mun
I (1) 1441
Nae
I (3) 1910
3193 3476
Nar
I (4) 1063
1171 1270 2691
Nci
I (7) 1168
1323 1324 2695
2855 3468
4232
Nco I (5)
361 598 1018
2420
3123
Nde
I (1) 235
NgoM I (3) 1908
3191 3474
Nla
III (20) 305 365
602 635
653 1022
1145 2121
2261 2333
2424 2565
2910 3096
3127 3153
3509 3893
4613 4664
Nla
IV (26) 468 659
719 755
803 977
998 1064
1172 1271
1313 1321
1328 1846
1867 1879
2070 2231
2303 2692
2727 3575
3654 3699
4542 4581
Nsi
I (3) 2263
2335 4666
Nsp7524 I (4) 2257
2329 3092 4609
NspB II (6) 1163
1317 2189 2797
4026 4271
NspH I (4) 2261
2333 3096 4613
PaeR7 I (1) 1279
Pal
I (30) 85 278
603 670
703 754
810 997
1032 1111
1146 1255
1321 1657
1799 2454
2460 2469
2512 2599
2773 3164
3191 3700
3757 3790
4135 4569
4587 4598
PflM I (1) 1024
Ple
I (2) 1742
2174
PspA I (1) 1322
Pst I (2)
940 1304
Pvu
II (3) 1163
2189 2797
Rsa
I (11) 220 245
300 333
384 541
798 1050
1239 1313
2997
Rsr
II (1) 3207
Sac
I (1) 1286
Sac
II (1) 1318
Sal
I (1) 1305
Sap
I (2) 3035
3245
Sau3A I (23) 586 682
1078 1275
1326 1335
1348 2528
2532 2551
2862 2940
3021 3030
3108 3484
3500 3859
3871 3949
3957 3968
4043
Sau96 I (14) 84 277
701 753
996 1253
1319 1320
1798 3207
3652 3698
3756 3789
ScrF I (20) 91 284
770 924
1168 1323
1324 2227
2282 2299
2695 2855
3078 3468
3657 3760
4232 4450
4463 4584
Sec
I (28) 361 598
610 745
769 805
862 922
1018 1054
1123 1249
1315 1322
2225 2297
2420 2455
2464 2513
2854 3123
3528 3655
3656 3758
3759 4449
SfaN I (11) 359 1506
2269 2341
2650 2905
2989 3053
3121 3328
4513
Sfc I (5)
936 1300 2026
4153
4344
Sfi
I (1) 2466
Sma
I (1) 1324
SnaB I (1) 341
Sph
I (3) 2261
2333 3096
Ssp
I (2) 1599
2152
Stu
I (3) 810
1032 2512
Sty
I (9) 361
598 745 805
1018 2420
2513 3123
3528
Taq
I (17) 679 685
895 1280
1293 1306
1840 2531
2804 2960
2984 3020
3182 3373
3418 3673
4511
Tfi
I (5) 3176
3310 3420 3457
4635
Tsp45 I (6) 740
911 917 1980
2811 3117
Tth111 I (1) 2809
Tth111 II (4) 3127
3987 4017 4026
Vsp
I (1) 8
Xba
I (1) 1338
Xho
I (1) 1279
Xho
II (11) 586 1275
1326 1335
2862 3108
3500 3859
3871 3957
3968
Xma
I (1)
1322
Xma
III (1) 2597
Site usage in pMRFP-C1:
Aat
II G,ACGT`C
5 Acc I GT`MK,AC 1
Acc65 I G`GTAC,C
1 Aci
I C`CG,C 65
Afl
II C`TTAA,G
- Afl
III A`CRYG,T 2
Age
I A`CCGG,T
- Aha II GR`CG,YC 12
Ahd
I GACNN,N`NNGTC
1 Alu
I AG|CT 20
Alw
I GGATC
8/9 15 AlwN I CAG,NNN`CTG 2
Apa
I G,GGCC`C
1 ApaL
I G`TGCA,C 1
Ase
I AT`TA,AT
1 Asp718 G`GTAC,C 1
Ava
I C`YCGR,G
4 Ava
II G`GWC,C 2
Avr
II C`CTAG,G
2 BamH
I G`GATC,C 1
Ban
I G`GYRC,C
10 Ban II G,RGCY`C 6
Bbe
I G,GCGC`C
4 Bbs
I GAAGAC
8/12 1
Bbv
I GCAGC
13/17 7 Bbv II GAAGAC 7/11 1
Bcl
I T`GATC,A
1 Bcn
I CC,S`GG 7
Bfa
I C`TA,G
8 Bgl
I GCCN,NNN`NGGC 4
Bgl
II A`GATC,T
1 Blp
I GC`TNA,GC -
Bpm
I CTGGAG
22/20 2 Bsa
I GGTCTC
7/11 1
BsaA I YAC|GTR 4
BsaB I
GATNN|NNATC 2
BsaH I GR`CG,YC
12 BsaJ
I C`CNNG,G 28
BsaW I W`CCGG,W
5 BseR
I GAGGAG
16/14 3
Bsg
I GTGCAG
22/20 1 BsiC I TT`CG,AA 2
BsiE I CG,RY`CG
2 BsiHKA
I G,WGCW`C 4
BsiW I C`GTAC,G
- Bsm
I GAATG,C
7 2
BsmA I GTCTC`/9 5
BsmB I
CGTCTC 7/11 -
BsmF I GGGAC
15/19 12 BsoF I GC`N,GC 37
Bsp120 I G`GGCC,C
1 Bsp1286
I G,DGCH`C 1
BspH I T`CATG,A
2 BspM
I ACCTGC
10/14 3
BspM II T`CCGG,A
- Bsr
I ACT,GG` 9
BsrB I GAG|CGG 5
BsrD I
GCAATG, 8 1
BsrG I T`GTAC,A
- BssH
II G`CGCG,C 1
BssS I C`TCGT,G
4 Bst1107
I GTA|TAC -
BstB I TT`CG,AA
2 BstE
II G`GTNAC,C 2
BstN I CC`W,GG
13 BstU
I CG|CG 19
BstX I CCAN,NNNN`NTGG
1 BstY
I R`GATC,Y 11
Bsu36 I CC`TNA,GG
2 Cac8
I GCN|NGC 29
Cfr10 I R`CCGG,Y
5 Cla
I AT`CG,AT 1
Csp6 I G`TA,C
11 Dde
I C`TNA,G 7
Dpn
I GA|TC 23 DpnII `GATC, 23
Dra
I TTT|AAA 3
Dra III
CAC,NNN`GTG 1
Drd
I GACNN,NN`NNGTC
4 Dsa
I C`CRYG,G 6
Eae
I Y`GGCC,R
7 Eag
I C`GGCC,G 1
Ear
I CTCTTC
7/10 3 Eco47 III AGC|GCT -
Eco57 I CTGAAG
21/19 7 Eco72 I CAC|GTG -
EcoN I CCTNN`N,NNAGG
- EcoO109
I RG`GNC,CY 1
EcoR I G`AATT,C
1 EcoR
II `CCWGG, 13
EcoR V GAT|ATC -
Ehe I
GGC|GCC
4
Esp
I GC`TNA,GC
- Fnu4H
I GC`N,GC 37
Fok
I GGATG
14/18 8 Fse I GG,CCGG`CC -
Fsp
I TGC|GCA 2
Gdi II
`YGGC,CG 6
Gsu
I CTGGAG
21/19 2 Hae I WGG|CCW 9
Hae
II R,GCGC`Y
7 Hae
III GG|CC 30
Hga
I GACGC
9/14 7 HgiA I G,WGCW`C 4
HgiE II ACCNNNNNNGGT
-1/131 Hha
I G,CG`C
29
HinC II GTY|RAC 2
Hind II GTY|RAC 2
HinD III A`AGCT,T
1 Hinf
I G`ANT,C 12
HinI I GR`CG,YC
12 HinP
I G`CG,C 29
Hpa
I GTT|AAC 1
Hpa II
C`CG,G 20
Hph
I GGTGA
12/11 9 Kas I G`GCGC,C 4
Kpn
I G,GTAC`C
1 Mae I C`TA,G 8
Mae
II A`CG,T
16 Mae III `GTNAC, 15
Mbo
I `GATC, 23
Mbo II
GAAGA 12/11 11
Mlu
I A`CGCG,T
1 Mme I TCCRAC
25/23 4
Mnl
I CCTC
10/10 45 Msc I TGG|CCA 2
Mse
I T`TA,A
15 Msl
I CAYNN|NNRTG 2
Msp
I C`CG,G
20 MspA1
I CMG|CKG 6
Mun
I C`AATT,G
1 Nae
I GCC|GGC 3
Nar
I GG`CG,CC
4 Nci
I CC`S,GG 7
Nco
I C`CATG,G
5 Nde
I CA`TA,TG 1
NgoM I G`CCGG,C
3 Nhe
I G`CTAG,C -
Nla
III ,CATG`
20 Nla
IV GGN|NCC 26
Not
I GC`GGCC,GC
- Nru
I TCG|CGA -
Nsi
I A,TGCA`T
3 Nsp7524
I R`CATG,Y 4
NspB II CMG|CKG 6
NspH I
R,CATG`Y 4
PaeR7 I C`TCGA,G
1 Pal I GG|CC 30
PflM I CCAN,NNN`NTGG
1 Ple
I GAGTC
9/10 2
Pme
I CTTT|AAAC -
Pml I
CAC|GTG -
PpuM I RG`GWC,CY
- Psp1406
I AA`CG,TT -
PspA I C`CCGG,G
1 Pst
I C,TGCA`G 2
Pvu
I CG,AT`CG
- Pvu
II CAG|CTG 3
Rsa
I GT|AC 11 Rsr II CG`GWC,CG 1
Sac
I G,AGCT`C
1 Sac II CC,GC`GG 1
Sal
I G`TCGA,C
1 Sap I GCTCTTC 8/11 2
Sau3A I `GATC, 23
Sau96 I
G`GNC,C 14
Sca
I AGT|ACT -
ScrF I
CC`N,GG 20
Sec
I C`CNNG,G
28 SfaN
I GCATC
9/13 11
Sfc
I C`TRYA,G
5 Sfi
I GGCCN,NNN`NGGCC 1
Sma
I CCC|GGG 1
SnaB I
TAC|GTA 1
Spe
I A`CTAG,T
- Sph
I G,CATG`C 3
Spl
I C`GTAC,G
- Srf
I GCCC|GGGC -
Ssp
I AAT|ATT 2
Stu I AGG|CCT 3
Sty
I C`CWWG,G
9 Taq
I T`CG,A 17
Tfi
I G`AWT,C
5 Tsp45
I `GTSAC, 6
Tth111 I GACN`N,NGTC
1 Tth111
II CAARCA
16/14 4
Vsp
I AT`TA,AT
1 Xba
I T`CTAG,A 1
Xca
I GTA|TAC -
Xcm I
CCANNNN,N`NNNNTGG-
Xho
I C`TCGA,G
1 Xho
II R`GATC,Y 11
Xma
I C`CCGG,G
1 Xma
III C`GGCC,G 1