Unique enzymes in pTRE:

Asc I GG`CGCG,CC 174

Pme I CTTT|AAAC 184

PpuM I RG`GWC,CY 959

Mun I C`AATT,G 1301

Xba I T`CTAG,A 1608

EcoN I CCTNN`N,NNAGG 1813

Nsi I A,TGCA`T 1994

Eco47 III AGC|GCT 2009

Bsg I GTGCAG 22/20 2167

BamH I G`GATC,C 2235

PspA I C`CCGG,G 2239

Xma I C`CCGG,G 2239

Sma I CCC|GGG 2241

Avr II C`CTAG,G 2407

HinD III A`AGCT,T 2480

Eco72 I CAC|GTG 2572

Pml I CAC|GTG 2572

Dra III CAC,NNN`GTG 2619

Acc65 I G`GTAC,C 2697

Asp718 G`GTAC,C 2697

Kpn I G,GTAC`C 2701

EcoR V GAT|ATC 2848

Kas I G`GCGC,C 3024

Nar I GG`CG,CC 3025

Ehe I GGC|GCC 3026

Bbe I G,GCGC`C 3028

Pst I C,TGCA`G 3078

Msc I TGG|CCA 3107

Tth111 I GACN`N,NGTC 3143

Bsp1286 I G,DGCH`C 3328

BsiC I TT`CG,AA 3707

BstB I TT`CG,AA 3707

BsmB I CGTCTC 7/11 4747

EcoR I G`AATT,C 4794

Stu I AGG|CCT 4802

Age I A`CCGG,T 4810

Sac II CC,GC`GG 4819

Hpa I GTT|AAC 4823

PaeR7 I C`TCGA,G 4826

Xho I C`TCGA,G 4826

Not I GC`GGCC,GC 4832

Ahd I GACNN,N`NNGTC 6173

Pvu I CG,AT`CG 6543

Number of enzymes = 43

The following enzymes do not cut in pTRE:

Afl II Blp I BsiW I BspM II BsrG I

Bst1107 I BstE II BstX I Bsu36 I Esp I

Fse I Nhe I Sfi I Spl I Srf I

pTRE: sites sorted by name:

Aat II (9) 403 456 539 725

4194 4247 4330 4516

7095

Acc I (2) 4807 7095

Acc65 I (1) 2697

Aci I (77) 62 336 364 376

390 557 648 681

785 806 1748 2103

2188 2224 2233 2253

2295 2526 2558 2596

2934 2997 3007 3091

3155 3256 3259 3499

3539 3544 3594 3610

3636 3692 3761 3764

3830 4127 4155 4167

4181 4348 4439 4472

4576 4597 4816 4818

4831 4835 4844 5070

5094 5132 5142 5166

5209 5216 5237 5328

5356 5483 5502 5623

5733 5868 5877 6236

6327 6518 6564 6685

6729 6806 6915 7014

7061

Afl III (5) 256 2571 2746 4047

5283

Age I (1) 4810

Aha II (15) 400 453 536 722

1762 3025 3727 3806

4191 4244 4327 4513

4756 6710 7092

Ahd I (1) 6173

Alu I (25) 136 844 919 1172

1521 1649 1703 1825

2121 2482 2841 3131

3589 3880 4635 4725

5107 5225 5451 5541

5587 5844 6362 6462

6525

Alw I (23) 12 17 926 2231

2242 2720 2866 2890

3203 3270 3449 3814

3841 3995 4002 5845

5928 5928 6025 6026

6490 6805 6811

AlwN I (3) 81 1524 5699

Apa I (2) 1480 2373

ApaL I (4) 33 2733 5597 6840

Apo I (7) 128 994 1187 1195

1344 3915 4794

Asc I (1) 174

Ase I (7) 165 285 890 2247

4076 5113 6345

Asp718 (1) 2697

Ava I (2) 2239 4826

Ava II (7) 959 1069 2221 3541

4813 6311 6533

Avr II (1) 2407

BamH I (1) 2235

Ban I (8) 743 1789 2549 2697

3024 3059 4926 6121

Ban II (6) 846 1480 2373 3390

4637 5079

Bbe I (1) 3028

Bbs I (4) 2382 2496 4792 5050

Bbv I (10) 1727 2535 3098 3140

3661 3889 5702 5705

5908 6602

Bbv II (4) 2383 2495 4791 5049

Bcl I (4) 2135 2179 2864 4848

Bcn I (10) 1476 2241 2242 2374

3030 3190 3803 5664

6357 6708

Bfa I (14) 278 857 924 1609

1704 1983 2408 2775

3950 4069 4870 5778

6028 6363

Bgl I (8) 368 490 561 2558

4159 4281 4352 6293

Bgl II (4) 13 4655 4676 4697

Bpm I (4) 3808 3865 4771 6243

Bsa I (3) 904 4041 6234

BsaA I (5) 618 1842 2572 3329

4409

BsaB I (5) 2882 4654 4675 4696

4717

BsaH I (15) 400 453 536 722

1762 3025 3727 3806

4191 4244 4327 4513

4756 6710 7092

BsaJ I (15) 638 1065 1524 2141

2239 2407 2728 2789

3188 3457 4031 4429

4816 4918 5443

BsaW I (5) 3056 4810 5489 5636

6464

BseR I (3) 1115 2646 4020

Bsg I (1) 2167

BsiC I (1) 3707

BsiE I (7) 2934 4811 4835 5199

5623 6543 6692

BsiHKA I (9) 37 846 2737 3138

3328 4637 5601 6759

6844

Bsm I (4) 1994 2402 2441 3945

BsmA I (10) 711 905 1126 1555

2866 4040 4502 4748

6235 7009

BsmB I (1) 4747

BsmF I (12) 453 604 772 972

1037 2808 3176 3708

3817 4244 4395 4563

BsoF I (43) 62 229 1650 1716

2103 2295 2524 2559

2597 2934 2986 2997

3008 3087 3092 3129

3170 3257 3260 3263

3499 3595 3636 3650

3764 3878 4832 4835

5108 5189 5207 5210

5328 5483 5626 5691

5694 5897 6225 6564

6591 6686 6915

Bsp120 I (2) 1476 2369

Bsp1286 I (1) 3328

BspH I (3) 1075 6000 7008

BspM I (4) 2595 2912 3293 3743

Bsr I (16) 76 574 879 2288

2608 2968 3169 4365

5690 5703 5817 6220

6338 6381 6648 6820

BsrB I (5) 3638 3692 4831 5216

7014

BsrD I (4) 2367 3258 6234 6408

BssH II (2) 174 3422

BssS I (4) 3617 3743 5456 6837

BstB I (1) 3707

BstN I (14) 368 561 1393 1525

2381 2540 3412 4159

4352 4750 4920 5311

5432 5445

BstU I (21) 121 176 236 258

338 1885 2226 3091

3392 3424 3830 4049

4129 4818 5130 5132

5330 5908 6238 6731

7063

BstY I (16) 13 2235 2713 2859

3196 3442 3834 4655

4676 4697 5921 5932

6018 6030 6798 6815

Cac8 I (32) 123 176 364 557

921 1174 1354 1750

1827 2155 2521 2919

3105 3324 3390 3396

3424 3428 3469 3473

3527 3810 4155 4348

4878 5055 5059 5214

5300 5337 5894 6285

Cfr10 I (6) 2309 3344 3525 3808

4810 6253

Cla I (2) 929 3998

Csp6 I (22) 44 241 496 521

576 609 660 817

1227 1277 1899 1909

2228 2698 3330 4287

4312 4367 4400 4451

4608 6652

Dde I (15) 40 110 208 935

1463 1766 1875 2004

3688 4980 5089 5558

5964 6130 6670

Dpn I (42) 7 15 23 928

932 2047 2137 2181

2237 2715 2720 2861

2866 2885 3198 3276

3357 3366 3444 3820

3836 3997 4001 4657

4678 4699 4720 4745

4850 5851 5923 5934

5942 6020 6032 6137

6478 6496 6542 6800

6817 6853

DpnII (42) 5 13 21 926

930 2045 2135 2179

2235 2713 2718 2859

2864 2883 3196 3274

3355 3364 3442 3818

3834 3995 3999 4655

4676 4697 4718 4743

4848 5849 5921 5932

5940 6018 6030 6135

6476 6494 6540 6798

6815 6851

Dra I (5) 184 1194 6039 6058

6750

Dra III (1) 2619

Drd I (2) 3052 5391

Dsa I (6) 638 1065 2789 3457

4429 4816

Eae I (9) 2286 2559 2931 3105

3496 3523 4832 5122

6561

Eag I (2) 2931 4832

Ear I (4) 3369 3579 5167 6968

Eco47 III (1) 2009

Eco57 I (7) 928 1266 2700 3170

3602 5830 6841

Eco72 I (1) 2572

EcoN I (1) 1813

EcoO109 I (5) 959 1477 2369 2725

2778

EcoR I (1) 4794

EcoR II (14) 366 559 1391 1523

2379 2538 3410 4157

4350 4748 4918 5309

5430 5443

EcoR V (1) 2848

Ehe I (1) 3026

Fnu4H I (43) 62 229 1650 1716

2103 2295 2524 2559

2597 2934 2986 2997

3008 3087 3092 3129

3170 3257 3260 3263

3499 3595 3636 3650

3764 3878 4832 4835

5108 5189 5207 5210

5328 5483 5626 5691

5694 5897 6225 6564

6591 6686 6915

Fok I (12) 1375 1387 2698 2890

3349 3374 3828 4746

5079 6139 6320 6607

Fsp I (2) 3127 6395

Gdi II (10) 2285 2560 2930 2932

3495 3522 4831 4833

5123 6560

Gsu I (4) 3809 3864 4770 6244

Hae I (5) 3107 4802 5298 5309

5761

Hae II (4) 2011 3028 5161 5531

Hae III (29) 247 362 555 1478

1916 2170 2288 2309

2371 2384 2561 2727

2779 2933 3107 3498

3525 4153 4346 4802

4834 5124 5298 5309

5327 5761 6216 6296

6563

Hga I (9) 803 1769 3734 3813

4594 4763 5393 5968

6700

HgiA I (9) 37 846 2737 3138

3328 4637 5601 6759

6844

HgiE II (2) 4915 5862

Hha I (27) 121 176 178 228

1641 2010 3019 3027

3091 3128 3394 3424

3426 3654 3830 5132

5160 5193 5463 5530

5630 5804 5910 6303

6396 6733 7065

HinC II (5) 262 1111 4053 4808

4823

Hind II (5) 262 1111 4053 4808

4823

HinD III (1) 2480

Hinf I (19) 201 688 897 1465

1582 1666 2642 3510

3644 3696 3754 3791

4041 4479 5118 5183

5258 5654 6168

HinI I (15) 400 453 536 722

1762 3025 3727 3806

4191 4244 4327 4513

4756 6710 7092

HinP I (27) 119 174 176 226

1639 2008 3017 3025

3089 3126 3392 3422

3424 3652 3828 5130

5158 5191 5461 5528

5628 5802 5908 6301

6394 6731 7063

Hpa I (1) 4823

Hpa II (23) 1474 2240 2310 2373

2930 3029 3057 3188

3278 3345 3526 3801

3809 4811 5490 5637

5663 5853 6254 6288

6355 6465 6707

Hph I (11) 653 959 1055 2131

3204 4444 6017 6244

6658 6866 6899

Kas I (1) 3024

Kpn I (1) 2701

Mae I (14) 278 857 924 1609

1704 1983 2408 2775

3950 4069 4870 5778

6028 6363

Mae II (26) 400 412 453 536

617 722 1532 1841

2279 2500 2571 2615

2771 2797 3141 3328

4191 4203 4244 4327

4408 4513 5983 6399

6772 7092

Mae III (21) 339 426 775 1149

1181 1421 2280 3145

3451 3889 4130 4217

4566 5639 5702 5818

6098 6429 6487 6640

6828

Mbo I (42) 5 13 21 926

930 2045 2135 2179

2235 2713 2718 2859

2864 2883 3196 3274

3355 3364 3442 3818

3834 3995 3999 4655

4676 4697 4718 4743

4848 5849 5921 5932

5940 6018 6030 6135

6476 6494 6540 6798

6815 6851

Mbo II (20) 209 1057 1498 2054

2081 2383 2500 3385

3595 3677 3844 4796

5054 5155 5792 5941

6014 6769 6847 6956

Mlu I (2) 256 4047

Mme I (5) 81 1644 2606 5497

5681

Mnl I (41) 96 819 1003 1082

1135 1442 1490 1652

2267 2273 2360 2431

2482 2562 2666 2737

2753 2874 2940 3076

3433 3625 3831 4035

4040 4610 4786 4864

4906 4952 5027 5084

5132 5181 5391 5464

5715 6112 6193 6339

6545

Msc I (1) 3107

Mse I (27) 70 132 165 169

183 285 890 1162

1193 1313 1633 1654

1677 2206 2247 2764

4076 4822 5113 5986

6038 6043 6057 6110

6345 6384 6749

Msl I (8) 643 1496 1776 1885

3462 4434 6425 6584

Msp I (23) 1474 2240 2310 2373

2930 3029 3057 3188

3278 3345 3526 3801

3809 4811 5490 5637

5663 5853 6254 6288

6355 6465 6707

MspA1 I (9) 2233 2526 3131 4818

4846 5107 5625 5870

6808

Mun I (1) 1301

Nae I (2) 3527 3810

Nar I (1) 3025

Nci I (10) 1475 2240 2241 2373

3029 3189 3802 5663

6356 6707

Nco I (4) 638 1065 3457 4429

Nde I (3) 512 2184 4303

NgoM I (2) 3525 3808

Nla III (27) 198 582 642 1002

1069 1079 1495 1501

1737 2741 2750 3244

3430 3461 3487 3843

3991 4373 4433 5061

5287 6004 6495 6505

6583 6619 7012

Nla IV (26) 745 960 961 1071

1478 1479 1791 2222

2237 2371 2530 2551

2699 2726 2780 3026

3061 4536 4928 5315

5354 6123 6217 6258

6469 7059

Not I (1) 4832

Nru I (2) 236 1885

Nsi I (1) 1994

Nsp7524 I (6) 1733 2737 2746 3426

5057 5283

NspB II (9) 2233 2526 3131 4818

4846 5107 5625 5870

6808

NspH I (6) 1737 2741 2750 3430

5061 5287

PaeR7 I (1) 4826

Pal I (29) 247 362 555 1478

1916 2170 2288 2309

2371 2384 2561 2727

2779 2933 3107 3498

3525 4153 4346 4802

4834 5124 5298 5309

5327 5761 6216 6296

6563

PflM I (2) 2648 2709

Ple I (3) 1473 2650 5662

Pme I (1) 184

Pml I (1) 2572

PpuM I (1) 959

Psp1406 I (3) 2279 6399 6772

PspA I (1) 2239

Pst I (1) 3078

Pvu I (1) 6543

Pvu II (2) 3131 5107

Rsa I (22) 45 242 497 522

577 610 661 818

1228 1278 1900 1910

2229 2699 3331 4288

4313 4368 4401 4452

4609 6653

Rsr II (2) 3541 4813

Sac I (2) 846 4637

Sac II (1) 4819

Sal I (2) 4806 7094

Sap I (3) 3369 3579 5167

Sau3A I (42) 5 13 21 926

930 2045 2135 2179

2235 2713 2718 2859

2864 2883 3196 3274

3355 3364 3442 3818

3834 3995 3999 4655

4676 4697 4718 4743

4848 5849 5921 5932

5940 6018 6030 6135

6476 6494 6540 6798

6815 6851

Sau96 I (21) 245 361 554 959

1069 1476 1477 2221

2369 2370 2383 2725

2778 3541 4152 4345

4813 6215 6294 6311

6533

Sca I (2) 1228 6653

ScrF I (24) 368 561 1393 1475

1525 2240 2241 2373

2381 2540 3029 3189

3412 3802 4159 4352

4750 4920 5311 5432

5445 5663 6356 6707

Sec I (15) 638 1065 1524 2141

2239 2407 2728 2789

3188 3457 4031 4429

4816 4918 5443

SfaN I (18) 49 636 2062 2677

2984 3239 3323 3387

3455 3662 3916 4427

4976 5058 5379 6428

6621 6868

Sfc I (9) 903 1516 1588 1918

2504 3074 5548 5739

6414

Sma I (1) 2241

SnaB I (3) 618 1842 4409

Spe I (2) 277 4068

Sph I (2) 3430 5061

Ssp I (3) 1331 1365 6977

Stu I (1) 4802

Sty I (6) 638 1065 2141 2407

3457 4429

Taq I (23) 884 929 1669 1759

1942 2125 2758 3138

3294 3318 3354 3516

3707 3752 3998 4039

4721 4807 4827 4857

5383 6824 7095

Tfi I (9) 201 1666 3510 3644

3754 3791 4041 5118

5258

Tsp45 I (4) 3145 3451 6429 6640

Tth111 I (1) 3143

Tth111 II (8) 81 1430 2509 3461

4880 5872 5878 5908

Vsp I (7) 165 285 890 2247

4076 5113 6345

Xba I (1) 1608

Xho I (1) 4826

Xho II (16) 13 2235 2713 2859

3196 3442 3834 4655

4676 4697 5921 5932

6018 6030 6798 6815

Xma I (1) 2239

Xma III (2) 2931 4832

Xmn I (3) 2248 2468 6772

Site usage in pTRE:

Aat II G,ACGT`C 9 Acc I GT`MK,AC 2

Acc65 I G`GTAC,C 1 Aci I C`CG,C 77

Afl II C`TTAA,G - Afl III A`CRYG,T 5

Age I A`CCGG,T 1 Aha II GR`CG,YC 15

Ahd I GACNN,N`NNGTC 1 Alu I AG|CT 25

Alw I GGATC 8/9 23 AlwN I CAG,NNN`CTG 3

Apa I G,GGCC`C 2 ApaL I G`TGCA,C 4

Apo I R`AATT,Y 7 Asc I GG`CGCG,CC 1

Ase I AT`TA,AT 7 Asp718 G`GTAC,C 1

Ava I C`YCGR,G 2 Ava II G`GWC,C 7

Avr II C`CTAG,G 1 BamH I G`GATC,C 1

Ban I G`GYRC,C 8 Ban II G,RGCY`C 6

Bbe I G,GCGC`C 1 Bbs I GAAGAC 8/12 4

Bbv I GCAGC 13/17 10 Bbv II GAAGAC 7/11 4

Bcl I T`GATC,A 4 Bcn I CC,S`GG 10

Bfa I C`TA,G 14 Bgl I GCCN,NNN`NGGC 8

Bgl II A`GATC,T 4 Blp I GC`TNA,GC -

Bpm I CTGGAG 22/20 4 Bsa I GGTCTC 7/11 3

BsaA I YAC|GTR 5 BsaB I GATNN|NNATC 5

BsaH I GR`CG,YC 15 BsaJ I C`CNNG,G 15

BsaW I W`CCGG,W 5 BseR I GAGGAG 16/14 3

Bsg I GTGCAG 22/20 1 BsiC I TT`CG,AA 1

BsiE I CG,RY`CG 7 BsiHKA I G,WGCW`C 9

BsiW I C`GTAC,G - Bsm I GAATG,C 7 4

BsmA I GTCTC`/9 10 BsmB I CGTCTC 7/11 1

BsmF I GGGAC 15/19 12 BsoF I GC`N,GC 43

Bsp120 I G`GGCC,C 2 Bsp1286 I G,DGCH`C 1

BspH I T`CATG,A 3 BspM I ACCTGC 10/14 4

BspM II T`CCGG,A - Bsr I ACT,GG` 16

BsrB I GAG|CGG 5 BsrD I GCAATG, 8 4

BsrG I T`GTAC,A - BssH II G`CGCG,C 2

BssS I C`TCGT,G 4 Bst1107 I GTA|TAC -

BstB I TT`CG,AA 1 BstE II G`GTNAC,C -

BstN I CC`W,GG 14 BstU I CG|CG 21

BstX I CCAN,NNNN`NTGG - BstY I R`GATC,Y 16

Bsu36 I CC`TNA,GG - Cac8 I GCN|NGC 32

Cfr10 I R`CCGG,Y 6 Cla I AT`CG,AT 2

Csp6 I G`TA,C 22 Dde I C`TNA,G 15

Dpn I GA|TC 42 DpnII `GATC, 42

Dra I TTT|AAA 5 Dra III CAC,NNN`GTG 1

Drd I GACNN,NN`NNGTC 2 Dsa I C`CRYG,G 6

Eae I Y`GGCC,R 9 Eag I C`GGCC,G 2

Ear I CTCTTC 7/10 4 Eco47 III AGC|GCT 1

Eco57 I CTGAAG 21/19 7 Eco72 I CAC|GTG 1

EcoN I CCTNN`N,NNAGG 1 EcoO109 I RG`GNC,CY 5

EcoR I G`AATT,C 1 EcoR II `CCWGG, 14

EcoR V GAT|ATC 1 Ehe I GGC|GCC 1

Esp I GC`TNA,GC - Fnu4H I GC`N,GC 43

Fok I GGATG 14/18 12 Fse I GG,CCGG`CC -

Fsp I TGC|GCA 2 Gdi II `YGGC,CG 10

Gsu I CTGGAG 21/19 4 Hae I WGG|CCW 5

Hae II R,GCGC`Y 4 Hae III GG|CC 29

Hga I GACGC 9/14 9 HgiA I G,WGCW`C 9

HgiE II ACCNNNNNNGGT -1/132 Hha I G,CG`C 27

HinC II GTY|RAC 5 Hind II GTY|RAC 5

HinD III A`AGCT,T 1 Hinf I G`ANT,C 19

HinI I GR`CG,YC 15 HinP I G`CG,C 27

Hpa I GTT|AAC 1 Hpa II C`CG,G 23

Hph I GGTGA 12/11 11 Kas I G`GCGC,C 1

Kpn I G,GTAC`C 1 Mae I C`TA,G 14

Mae II A`CG,T 26 Mae III `GTNAC, 21

Mbo I `GATC, 42 Mbo II GAAGA 12/11 20

Mlu I A`CGCG,T 2 Mme I TCCRAC 25/23 5

Mnl I CCTC 10/10 41 Msc I TGG|CCA 1

Mse I T`TA,A 27 Msl I CAYNN|NNRTG 8

Msp I C`CG,G 23 MspA1 I CMG|CKG 9

Mun I C`AATT,G 1 Nae I GCC|GGC 2

Nar I GG`CG,CC 1 Nci I CC`S,GG 10

Nco I C`CATG,G 4 Nde I CA`TA,TG 3

NgoM I G`CCGG,C 2 Nhe I G`CTAG,C -

Nla III ,CATG` 27 Nla IV GGN|NCC 26

Not I GC`GGCC,GC 1 Nru I TCG|CGA 2

Nsi I A,TGCA`T 1 Nsp7524 I R`CATG,Y 6

NspB II CMG|CKG 9 NspH I R,CATG`Y 6

PaeR7 I C`TCGA,G 1 Pal I GG|CC 29

PflM I CCAN,NNN`NTGG 2 Ple I GAGTC 9/10 3

Pme I CTTT|AAAC 1 Pml I CAC|GTG 1

PpuM I RG`GWC,CY 1 Psp1406 I AA`CG,TT 3

PspA I C`CCGG,G 1 Pst I C,TGCA`G 1

Pvu I CG,AT`CG 1 Pvu II CAG|CTG 2

Rsa I GT|AC 22 Rsr II CG`GWC,CG 2

Sac I G,AGCT`C 2 Sac II CC,GC`GG 1

Sal I G`TCGA,C 2 Sap I GCTCTTC 8/11 3

Sau3A I `GATC, 42 Sau96 I G`GNC,C 21

Sca I AGT|ACT 2 ScrF I CC`N,GG 24

Sec I C`CNNG,G 15 SfaN I GCATC 9/13 18

Sfc I C`TRYA,G 9 Sfi I GGCCN,NNN`NGGCC -

Sma I CCC|GGG 1 SnaB I TAC|GTA 3

Spe I A`CTAG,T 2 Sph I G,CATG`C 2

Spl I C`GTAC,G - Srf I GCCC|GGGC -

Ssp I AAT|ATT 3 Stu I AGG|CCT 1

Sty I C`CWWG,G 6 Taq I T`CG,A 23

Tfi I G`AWT,C 9 Tsp45 I `GTSAC, 4

Tth111 I GACN`N,NGTC 1 Tth111 II CAARCA 16/14 8

Vsp I AT`TA,AT 7 Xba I T`CTAG,A 1

Xca I GTA|TAC - Xcm I CCANNNN,N`NNNNTGG-

Xho I C`TCGA,G 1 Xho II R`GATC,Y 16

Xma I C`CCGG,G 1 Xma III C`GGCC,G 2